酒曲制作是指将发酵过程中需要使用的酵母、细菌、真菌等微生物，培养繁殖、激活、增殖、分离、纯化等一系列工序后放入酿酒原料中，促使原料中的淀粉转变为糖，酵母、细菌、真菌等微生物分解糖并产生酒精和二氧化碳的过程。
酒曲制作的原理是在酿酒原料中加入合适的微生物群落，使原料中的淀粉等成分转化为酒精、香气等具有酿酒作用的成分，形成酒液。食品科学中对酒曲的分类包括酵母、细菌、真菌等，采用的酒曲不同，酒液的口感、颜色、香气等也会存在差异。
酒曲制作的方法通常包括培养、筛选、纯化、保存等步骤。培养是指将微生物在适宜的环境下进行培养培育。筛选则是将发酵过程中出现良好酵母、细菌、真菌种质进行筛选，选出适合生产的菌种。而纯化则是指在筛选过程中选出适宜菌种后，通过一系列工艺步骤，将目标微生物进行提纯。